next up previous contents index
Up: orac-manual Previous: Index   Contents   Index

Bibliography

1
S. J. Wiener, P. A. Kollmann, D. T. Nguyen, and D. A. Case.
J. Comput. Chem., 7:230, 1986.

2
W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bavly, I. R. Gould, K. M. Merz Jr., D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, and P. Kollmann.
J. Am. Chem. Soc., 117:5179, 1995.

3
B. R. Brooks, R. E. Bruccoeri, B. D. Olafson, D.J. States, S. Swaminanthan, and M. Karplus.
J. Comput. Chem., 4:187, 1983.

4
W.F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen.
Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual.
Biomos, Groningen, 1987.

5
A. D. MacKerrel, J. Wirkeiwicz-Kuczera, and M. Karplus.
J. Am. Chem. Soc, 117:11946, 1995.

6
J. J. Pavelites, P. A. Gao, and A. D. MacKerrel.
Biophysical J., 18:221, 1997.

7
A. D. MacKerell Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick T., Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus.
J. Phys. Chem. B, 102:3586, 1998.

8
J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. J. C Berendsen.
J. Comput. Phys., 23:327, 1977.

9
G. Ciccotti and J. P. Ryckaert.
Comp. Phys. Report, 4:345, 1986.

10
M. P. Allen and D. J. Tildesley.
Computer Simulation of Liquids.
Oxford University Press, Walton Street, Oxford OX2 6DP, 1989.

11
P. Procacci, T. Darden, and M. Marchi.
J. Phys. Chem, 100:10464, 1996.

12
W. B. Street, D.J. Tildesley, and G. Saville.
Mol. Phys., 35:639, 1978.

13
O. Teleman and B. Joensonn.
J. Comput. Chem., 7:58, 1986.

14
M. E. Tuckerman, G. J. Martyna, and B. J. Berne.
J. Chem. Phys., 94:6811, 1991.

15
M. E. Tuckerman and B. J. Berne.
J. Chem. Phys., 95:8362, 1991.

16
M. E. Tuckerman, B. J. Berne, and A. Rossi.
J. Chem. Phys., 94:1465, 1990.

17
H. Grubmuller, H. Heller, A. Winemuth, and K. Schulten.
Mol. Simul., 6:121, 1991.

18
M. E. Tuckerman, B.J. Berne, and G.J. Martyna.
J. Chem. Phys., 97:1990, 1992.

19
M. E. Tuckerman, B. J. Berne, and G. J. Martyna.
J. Chem. Phys., 99:2278, 1993.

20
D. D. Humphreys, R. A. Friesner, and B. J. Berne.
J. Phys. Chem., 98:6885, 1994.

21
P. Procacci and B. J. Berne.
J. Chem. Phys., 101:2421, 1994.

22
P. Procacci and M. Marchi.
J. Chem. Phys., 104:3003, 1996.

23
G. J. Martyna, M. E. Tuckerman, D. J. Tobias, and M. L. Klein.
Mol. Phys., 87:1117, 1996.

24
P. Procacci and B. J. Berne.
Mol. Phys., 83:255, 1994.

25
M. Marchi and P. Procacci.
J. Chem. Phys., 109:5194, 1998.

26
M. Saito.
J. Chem. Phys., 101:4055, 1994.

27
H. Lee, T. A. Darden, and L. G. Pedersen.
J. Chem. Phys., 102:3830, 1995.

28
J. A. Barker and R. O. Watts.
Mol. Phys., 26:789, 1973.

29
J. A. Barker.
The problem of long-range forces in the computer simulation of condensed matter.
volume 9, page 45. NRCC Workshop Proceedings, 1980.

30
P. Ewald.
Ann. Phys., 64:253, 1921.

31
S.W. deLeeuw, J. W. Perram, and E. R. Smith.
Proc. R. Soc. London A, 373:27, 1980.

32
T. Darden, D. York, and L. Pedersen.
J. Chem. Phys., 98:10089, 1993.

33
U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, and L. G. Pedersen.
J. Chem. Phys., 101:8577, 1995.

34
R. W. Hockney.
Computer Simulation Using Particles.
McGraw-Hill, New York, 1989.

35
H.G. Petersen, D. Soelvanson, and J. W. Perram.
J. Chem. Phys, 101:8870, 1994.

36
L. Greengard and V. Rokhlin.
J. Comput. Phys., 73:325, 1987.

37
J. Shimada, H. Kaneko, and T. Takada.
J. Comput. Chem., 15:28, 1994.

38
R. Zhou and B. J. Berne.
J. Chem. Phys., 103:9444, 1996.

39
Y. Duan and P. A. Kollman.
Pathways to a protein folding intermediate observed in a 1-microsecond simulation in aqueous solution.
Science, 282:740-744, 1998.

40
R. H. Swendsen and J. S. Wang.
Phys. Rev. Lett., 57:2607, 1986.

41
C. G. Geyer.
in Computing Science and Statistics, Proceedings of the 23rd Symposium on the Interface, edited by E. M. Keramidis, page 156, 1991.

42
E. Marinari and G. Parisi.
Europhys. Lett., 19:451, 1992.

43
K. Hukushima and K. Nemoto.
J. Phys. Soc. Jpn., 65:1604, 1996.

44
G. M. Torrie and J. P. Valleau.
Chem. Phys. Lett., 28:578-581, 1974.

45
A. Laio and M. Parrinello.
Escaping free-energy minima.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99:12562-12566, 2002.

46
S. Marsili, A. Barducci, R. Chelli, P. Proccaci, and V. Schettino.
J. Phys. Chem. B, 110:14011-14014, 2006.

47
F. Wang and D. P. Landau.
Phys. Rev. Lett., 86:2050-2053, 2001.

48
J. Henin and C. Chipot.
J. Chem. Phys., 121:2904-2914, 2004.

49
A. Laio, A. Rodriguez-Fortea, F. L. Gervasio, M. Ceccarelli, and M. Parrinello.
Assessing the accuracy of metadynamics.
J. Phys. Chem. B, 109:6714-6721, 2005.

50
C. Jarzynski.
Nonequilibrium equality for free energy differences.
Phys. Rev. Lett., 78:2690-2693, 1997.

51
G. E. Crooks.
J. Stat. Phys., 90:1481-1487, 1998.

52
G. Hummer and A. Szabo.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98:3658-3661, 2001.

53
M. R. Shirts, E. Bair, G. Hooker, and V. S. Pande.
Phys. Rev. Lett., 91:140601, 2003.

54
D. Chandler.
Introduction to Modern Statistical Mechanics.
Oxford University Press, 1987.

55
J. M. Sanz-Serna.
Acta Numerica, 1:243, 1992.

56
S. K. Grey, D. W. Noid, and B. G. Sumpter.
J. Chem. Phys., 101:4062, 1994.

57
J. J. Biesiadecki and R. D. Skeel.
J. Comp. Physics., 109:318, 1993.

58
P. J. Channel and C. Scovel.
Nonlinearity, 3:231, 1990.

59
H. Goldstein.
Classical Mechanics.
Addison-Wesley, Reading MA, 1980.

60
V. I. Arnold.
Mathematical Methods of Classical Mechanics.
Springer-Verlach, Berlin, 1989.

61
H. F. Trotter.
Proc. Am. Math Soc., 10:545, 1959.

62
H. de Raedt and B. De Raedt.
Phys. Rev. A, 28:3575, 1983.

63
H. Yoshida.
Phys. Letters A, 150:262, 1990.

64
S. J. Toxvaerd.
J. Chem. Phys., 87:6140, 1987.

65
H.C Andersen.
J. Comput. Phys., 52:24, 1983.

66
M. E. Tuckerman and M. Parrinello.
J. Chem. Phys., 101:1302, 1994.

67
S. Nose and M. L. Klein.
Mol. Phys., 50:1055, 1983.

68
G. Herzberg.
Spectra of Diatomic Molecules.
Van Nostrand, New York, 1950.

69
M. Watanabe and M. Karplus.
J. Phys. Chem., 99:5680, 1995.

70
J. K. Kjems an G. Dolling.
Phys. Rev. B, 11:16397, 1975.

71
F. D. Medina and W. B. Daniels.
J. Chem. Phys., 64:150, 1976.

72
G. Cardini and V. Schettino.
Chem. Phys., 146:147, 1990.

73
D. Frenkel and B. Smit.
Understanding Molecular Simulations.
Academic Press, San Diego, 1996.

74
D. C. Rapaport.
The Art of Molecular Dynamics Simulation.
Cambridge University Press, Cambridge (UK), 1995.

75
S. Nosé.
In M. Meyer and V. Pontikis, editors, Computer Simulation in Materials Science, page 21. Kluwer Academic Publishers, 1991.

76
S. Nosé.
Prog. Theor. Phys. Supp., 103:1, 1991.

77
M. Ferrario.
In M.P.Allen and D.J.Tildesley, editors, Computer Simulation in Chemical Physics, page 153. Kluwer Academic Publishers, 1993.

78
G. J. Martyna, D. J. Tobias, and M. L. Klein.
J. Chem. Phys., 101:4177, 1994.

79
H. C. Andersen.
J. Chem. Phys., 72:2384, 1980.

80
M. Parrinello and A. Rahman.
Phys. Rev. Letters, 45:1196, 1980.

81
S. Nose.
Mol. Phys., 52:255, 1984.

82
M. Ferrario and J.-P. Ryckaert.
Mol. Phys., 78:7368, 1985.

83
M. E. Tuckerman, C. J. Mundy, and M. L. Klein.
Phys. Rev. Letters, 78:2042, 1997.

84
S. Melchionna, G. Ciccotti, and B. L. Holian.
Mol. Phys., 78:533, 1993.

85
H.J.C.Berendsen.
Lectures notes unpublished; reported by G.Ciccotti and J.P.Ryckaert, Comp. Physics Report 4 (1986) 345, 1986.

86
E. Paci and M. Marchi.
J. Phys. Chem., 104:3003, 1996.

87
S. Toxvaerd.
Phys. Rev. B., 47:343, 1993.

88
J.-P. Hansen.
Molecular-dynamics simulation of coulomb systems in two and three dimensions.
In Molecular Dynamics Simulation of Statistical-Mechanics Systems, Proceedings of the International School of Physics "Enrico Fermi". North Holland Physics, 1986.

89
H.G. Petersen.
J. Chem. Phys., 103:3668, 1995.

90
P. Procacci, T. Darden, E. Paci, and M. Marchi.
J. Comp. Chemistry, 18:1848, 1997.

91
S. J. Stuart, R. Zhou, and B. J. Berne.
J. Chem. Phys., 105:1426, 1996.

92
P. Procacci, M. Marchi, and G. J. Martyna.
J. Chem. Phys., 108:8799, 1998.

93
A. Rahman and F. H. Stillinger.
J. Chem. Phys., 55:3336, 1971.

94
P. Liu, B. Kim., R. A. Friesner, and B. J. Berne.
Proc. Acad. Sci., 102:13749-13754, 2005.

95
M. R. Shirts and J. D. Chodera.
J. Chem. Phys., 129:124105, 2008.

96
M. Mezei.
J. Comput. Phys., 68:237, 1987.

97
G. H. Paine and H. A. Scheraga.
Biopolymers, 24:1391, 1985.

98
T. Huber, A. E. Torda, and W. F. van Gunsteren.
J. Comput.-Aided Mol. Des., 8:695, 1994.

99
S. Marsili, A. Barducci, R. Chelli, P. Procacci, and V. Schettino.
J. Phys. Chem. B, 110:14011, 2006.

100
M. Watanabe and W. P. Reinhardt.
Phys. Rev. Lett, 65:3301, 1990.

101
N. G. Van Kampen.
Stochastic Processes in Physics and Chemistry.
North-Holland, 1992.

102
M. Iannuzzi, A. Laio, and M. Parrinello.
Phys. Rev. Lett., 90:238302, 2003.

103
V. Babin, C. Roland, T. A. Darden, and C. Sagui.
J. Chem. Phys., 125:204909, 2006.

104
L. B. Lucy.
Astronom. J., 82:1013, 1977.

105
Wm. G. Hoover. and C. G. Hoover.
Phys. Rev. E, 73:016702, 2006.

106
D. J. Earl and M. W. Deem.
J. Phys. Chem. B, 109:6701, 2005.

107
C. Zhou and R. N. Bhatt.
Phys. Rev. E, 72:0205701(R), 2005.

108
R. E. Belardinelli and V. D. Pereira.
Phys. Rev. E, 75:046701, 2007.

109
A. Barducci, G. Bussi, and M. Parrinello.
Phys. Rev. Lett., 100:020603, 2008.

110
P. Raiteri, F. L. Gervasio, C. Micheletti, and M. Parrinello.
J. Phys. Chem. B, 110:3533, 2006.

111
B. Isralewitz, M. Gao, and K. Schulten.
Curr. Op. Struct. Biol., 11:224-230, 2001.

112
D. J. Evans and D. J. Searls.
Phys. Rev. E, 50:1645-1648, 1994.

113
M. Sprik and G. Ciccotti.
J. Chem. Phys., 109:7737-7744, 1998.

114
S. Park and K. Schulten.
J. Chem. Phys., 120:5946-5961, 2004.

115
R. W. Zwanzig.
J. Chem. Phys., 22:1420, 1954.

116
R. H. Wood and W. C. F. Muehlbauer.
J. Phys. Chem., 95:6670-6675, 1991.

117
C. H. Bennett.
J. Comp. Phys., 22:245, 1976.

118
A.M. Ferrenberg and R. H. Swendsen.
Phys. Rev. Lett., 63:1195, 1989.

119
D. D. Minh and A. B. Adib.
Phys. Rev. Lett., 100:180602, 2008.

120
R. Chelli and P. Procacci.
Phys. Chem. Chem. Phys., 11:1152-1158, 2009.

121
C. Brot B. Quentrec.
J. Comp. Phys, 13:430, 1975.

122
M. P. Allen and D. J. Tildesley.
Computer Simulation of Liquids.
Oxford University Press, Walton Street, Oxford OX2 6DP, 1989.